共設置 15 年的課程內容，包含顯密經論、藏語、英語以及密法儀軌等課程。
經論學習方面，學僧每天早上於清晨背誦經典，下午安排學習課程，晚上6點至9點之間則進行辯經活動。
僧人們透過相互問答，激辯的方式，釐清當天所學經論之要義，每個月至少舉辦1次的大型辯經。
修業年限至少需滿 6 年，之後才能開始進入密法儀軌相關之課程，內容包括儀軌的學習，例如法器的擺設、手執法器的動作、供品製作、經文唱誦等。

除上述學習課程外，下密院以修習《密集金剛》著稱，因此僧人常不間斷地舉行各式法會，是理論與實修兼具的道場。