下密院的教學特色在於密法，所以學僧來源分為兩類：

一是考取三大寺(色拉寺、甘丹寺、哲蚌寺)格西學位的僧人,統稱為「然江巴」。
寺院規定「然江巴」進入下密院至少要學習１年的密法，部分「然江巴」為了學習更多重要完整的密法傳承，在修學１年後，會繼續留在下密院進行閉關、修學或教學。
二是直接進入下密院成為「吉然巴」或「喇嘛舉巴」。他們除了學習及背誦寺院中各部經論外，須到院內的顯密學校學習。